CompactPCI - компьютеры на базе микропроцессоров Pentium могут управляться любой операционной системой, работающей на обычном персональном компьютере: MS-DOS, Windows 3.xx, Windows 95, Windows NT, OS/2, BSD UNIX, LINUX, Solaris... CompactPCI-компьютеры на базе микропроцессоров PowerPC могут работать под управлением операционных систем AIX, Solaris, MacOS и самого широкого спектра операционных систем реального времени от ведущих мировых поставщиков. То же самое можно сказать о CompactPCI процессорах Alpha. Любая операционная система, работающая на этих процессорах для настольных офисных компьютеров - будет без модернизации работать в CompactPCI.